Ciudadanos calificaron de desastrosa la organización de la jornada electoral, a cargo del Instituto Nacional Electoral (INE) y el Instituto Tlaxcalteca de Elecciones (ITE), ante las múltiples inconformidades que se evidenciaron el día de la elección y las que se vivieron en varios municipios donde se pidió el reconteo y la evidencia de funcionarios electorales abriendo las urnas y cambiando actas. 

A diferencia de la elección del 2021, actualmente la inconformidad por el desempeño de los funcionarios de casilla y los integrantes de los consejos municipales, han dado mucho de que hablar, por permitir supuestas irregularidades en el conteo de votos. 

Al no prever la autoridad electoral el tema de la seguridad, ante posibles inconformidades, el ITE acordó cambiar de sedes varios consejos municipales para llevar a cabo el conteo, además de que se retrasó en otros organismos municipales ante el malestar de candidatos y simpatizantes. 

Los municipios donde hay incetidumbre por los resultados y los animos incluso se salieron de control al llegar a las agresiones, son: Huamantla, Chiautempan, Terrenate, Tecopilco, Xiloxoxtla, Papalotla, Zacatelco, Tetla y Mazatecochco.